Durante un viaje escolar a Taiwán, Shio Ogura, una adolescente obsesionada con la historia, queda atrapada en una batalla entre la organización DOGOO y los Evolutionary Invaders, una especie alienígena. Al intentar sacar a una amiga del ataque, despierta como E-Gene Holder: portadora del alma reencarnada del señor de la guerra Oda Nobunaga y capaz de invocar el arma enorme que bautiza como Nobunagun. Así se une a los demás E-Gene Holders de DOGOO, cada uno ligado a una figura histórica, para enfrentar a los invasores.