A grande torre que sobe de Shin-Tokyo até o espaço é o sonho de Touta Konoe, um garoto do interior criado pela professora Yukihime. Quando caçadores de recompensas o ferem de morte, o sangue dela o torna imortal e revela que Yukihime é Evangeline A.K. McDowell, vampira de séculos de idade. Décadas depois de Negima!, Touta deixa a cidade natal e entra para a UQ Holder, a sociedade secreta de imortais que ela comanda.