Criado por su maestra Yukihime en el campo, Touta Konoe sueña con llegar a Shin-Tokio y a la torre que se eleva desde la ciudad hasta el espacio. Unos cazarrecompensas lo hieren de muerte y la sangre de Yukihime lo vuelve inmortal, al tiempo que revela que ella es Evangeline A.K. McDowell, una vampira de siglos de antigüedad. Décadas después de los hechos de Negima!, Touta deja su pueblo y entra en UQ Holder, la sociedad secreta de inmortales que ella dirige.