Amnésico e perseguido por pesadelos, Teito Klein é um antigo escravo admitido na academia militar do Império Barsburg por seu raro domínio do Zaiphon, um poder que transforma emoções em força. Na véspera do exame de formatura, ele e Mikage, seu único amigo, juram que nunca vão se abandonar. É então que Teito reconhece em Ayanami, chefe do Estado-Maior do império, o homem que matou o rei de seus sonhos. Seu passado oculto como príncipe do destruído Reino de Raggs começa a vir à tona e o coloca contra o império que o aniquilou.