Nada interessa a Miharu Rokujou, que atravessa a escola sem querer nada com ninguém, até o professor Tobari Kumohira e o colega Kouichi Aizawa se revelarem ninjas de Banten. Eles contam que o corpo dele guarda o Shinra Banshou, a arte secreta mais cobiçada do mundo ninja oculto de Nabari. Clãs rivais se lançam para reivindicar esse poder, enquanto Kumohira insiste que ele entre no clube de nindo do colégio. Cabe a Miharu decidir o que fazer com um poder que nunca pediu.