El Shinra Banshou, el arte secreto más codiciado del mundo ninja oculto de Nabari, está sellado dentro de Miharu Rokujou, un estudiante al que nada le importa. Se lo revelan su profesor, Tobari Kumohira, y su compañero Kouichi Aizawa, que resultan ser ninjas de Banten. Mientras los clanes rivales se lanzan a reclamar ese poder, Kumohira insiste en que Miharu entre al club de nindo de la escuela. Al final, el propio Miharu tendrá que decidir qué hacer con un poder que nunca pidió.