Só alienígenas, viajantes do tempo e espers interessam a Haruhi Suzumiya, e ela avisa isso à classe logo no primeiro dia. Ao lado dela senta Kyon, estudante do primeiro ano do ensino médio que há muito desistiu de acreditar no sobrenatural. Um comentário solto dele faz Haruhi fundar a Brigada SOS para caçar essas criaturas e arrastar junto a quieta leitora Yuki Nagato, a tímida Mikuru Asahina e o sempre sorridente Itsuki Koizumi. Logo Kyon descobre que os três são exatamente o que Haruhi procura, enviados para vigiá-la. Este mangá adapta as light novels.