Quando se muda para Tóquio para morar com a tia, Misaki Suzuhara, do sétimo ano, se encanta com o Angelic Layer. No jogo, os participantes, chamados Deus, controlam pela mente bonecas personalizadas, as Angels, num campo conhecido como layer. Um homem excêntrico que se apresenta como Icchan a incentiva a montar a sua, batizada de Hikaru. Pequena e ágil, a Angel entra na competição e Misaki começa a subir de posto diante de Deus experientes.