O Laboratório de Gadgets do Futuro funciona num apartamento de Akihabara, e quem manda ali é Rintarou Okabe, autointitulado cientista louco, ao lado de Mayuri Shiina e Itaru "Daru" Hashida. Um micro-ondas adaptado passa a enviar mensagens de texto para o passado, e a SERN percebe. Esta linha de light novels reconta a história em vários volumes, e um deles a acompanha pelo lado de Kurisu Makise, que sente a linha de mundo mudar.