Ageha Yoshina pega um misterioso cartão telefônico vermelho esquecido numa cabine e, dias depois, sua amiga de infância Sakurako Amamiya, que tinha um cartão igual, some sem deixar rastro. A busca por ela joga o estudante dentro de Psyren, um mundo em ruínas e infestado de monstros onde os desaparecidos são obrigados a um letal jogo de sobrevivência, e é ali que seus próprios poderes psíquicos latentes começam a despertar.