Kimihiko Kimizuka passou três anos rodando o mundo como assistente da detetive Siesta e enfrentando uma organização secreta de humanos aprimorados, até que a morte dela o devolveu a uma vida escolar comum que nunca chegou a ser tão comum assim. Nagisa Natsunagi, que herdou fragmentos do que Siesta deixou para trás, e Charlotte Arisaka Anderson continuam ao lado dele enquanto os mistérios voltam a se acumular. Esta segunda temporada retoma a história de onde a primeira parou, com o cotidiano de Kimihiko cedendo espaço aos casos outra vez.