Kimihiko Kimizuka pasó tres años recorriendo el mundo como asistente de la detective Siesta y enfrentando a una organización secreta de humanos mejorados, hasta que la muerte de ella lo devolvió a una vida escolar normal que nunca terminó de serlo. Nagisa Natsunagi, que heredó fragmentos de lo que Siesta dejó atrás, y Charlotte Arisaka Anderson siguen a su lado mientras los misterios vuelven a acumularse. Esta segunda temporada retoma la historia donde la dejó la primera, con la vida cotidiana de Kimihiko cediendo otra vez terreno a los casos.