Em férias de verão em Okinawa com seu parceiro Guilmon, Takato Matsuda conhece Minami Uehara, uma garota cujo cachorro falecido inspirou o programa de bichinho virtual criado pelo pai dela, o V-Pet. Quando alguém infecta o V-Pet com um vírus de computador ligado ao demônio Mephistomon, o programa passa a atrair Digimons reais para o mundo através de todo aparelho que o executa. Takato chama Ruki Makino, Jianliang Li e seus parceiros para ajudar Minami a conter o surto antes que o plano de Mephistomon avance ainda mais.