De vacaciones de verano en Okinawa junto a su compañero Guilmon, Takato Matsuda conoce a Minami Uehara, una niña cuyo perro fallecido inspiró el programa de mascota virtual de su padre, el V-Pet. Cuando alguien infecta el V-Pet con un virus informático vinculado al demonio Mephistomon, el programa empieza a atraer Digimon reales al mundo a través de cada dispositivo que lo ejecuta. Takato llama a Ruki Makino, Jianliang Li y sus compañeros para ayudar a Minami a frenar el brote antes de que el plan de Mephistomon avance más.