Em 2043, o calouro universitário Reiji Mukudori finalmente junta dinheiro para comprar Infinite Dendrogram, um jogo de mergulho total tão avançado que simula perfeitamente os cinco sentidos. Guiado pelo irmão mais velho, o veterano Shu, Reiji cria seu personagem Ray Starling e, depois de uma primeira luta brutal contra chances impossíveis, desperta Nemesis, seu Embryo: uma arma viva feita para contra-atacar inimigos mais fortes. O mangá acompanha os primeiros dias de Ray aprendendo a classe Paladino em um mundo de jogo com mais profundidade e consequências do que qualquer um esperava.