En 2043, el universitario de primer año Reiji Mukudori por fin junta el dinero para comprar Infinite Dendrogram, un videojuego de inmersión total tan avanzado que simula a la perfección los cinco sentidos. Guiado por su hermano mayor Shu, veterano del juego, Reiji crea a su personaje Ray Starling y, tras un primer combate brutal contra rivales imposibles, despierta a Nemesis, su Embryo: un arma viviente diseñada para contraatacar a enemigos más fuertes. El manga sigue los primeros días de Ray aprendiendo la clase Paladín en un mundo de juego con más profundidad y consecuencias de lo que cualquiera esperaba.