Após o suicídio de uma colega de classe, Lain Iwakura, de catorze anos, recebe um e-mail da garota morta. Nele, a menina afirma ter apenas abandonado o corpo para viver dentro da Wired, uma rede global de comunicação parecida com uma internet muito mais imersiva. Lain, que até então mal sabia usar um computador, fica obcecada pela Wired e expande seu equipamento até ocupar o quarto inteiro. Quanto mais investiga, mais encontra versões de si mesma já ativas online, e a fronteira entre a Wired e o mundo físico começa a se dissolver.