Maya Kumashiro detesta tudo o que tem a ver com o oculto, mas a morte do pai a obriga a voltar à Academia Waldstein, famosa por seus incidentes sobrenaturais, para assumir como diretora e fechá-la de vez. Seus planos desmoronam quando um estranho que se apresenta como Minoru Abe cai do céu alegando ser um agente do tempo vindo de 2012, enviado a 1999 para impedir que as profecias de Nostradamus se cumpram. A contragosto, Maya se junta a ele para investigar os fenômenos bizarros da academia e descobrir para que ele foi realmente enviado.