Nesta nova versão em flash animation, o alienígena-sapo Keroro volta a viver na casa dos irmãos Fuyuki e Natsumi Hinata depois do fracasso de sua invasão original, ao lado dos companheiros de pelotão Giroro, Tamama, Kururu e Dororo. Feita para celebrar os quinze anos da franquia, a série adapta capítulos do mangá publicados muito depois de onde a TV original parou. Cada episódio dura apenas três minutos, concentrando piadas inteiras num ritmo bem acelerado.