Dois anos após a série original, as cerejeiras da ilha Hatsune deixaram de florescer o ano todo, e a única "magia" que resta na ilha é o talento de Jun'ichi Asakura, estudante prestes a se formar, para fazer doces. Numa noite de tempestade, uma garota chamada Aisia bate à sua porta convencida de que ele pode lhe ensinar magia de verdade, e se recusa a ir embora mesmo depois que ele admite não ter nada para ensinar. A chegada de uma nova equipe médica à Academia Kazami complica ainda mais a vida já corrida dele. Esta segunda temporada dá continuidade direta à série original de Da Capo.