Dos años después de la serie original, los cerezos de la isla Hatsune dejaron de florecer todo el año, y la única "magia" que queda en la isla es el talento de Jun'ichi Asakura, un estudiante a punto de graduarse, para preparar dulces. Una noche de tormenta, una chica llamada Aisia toca a su puerta convencida de que él puede enseñarle magia verdadera, y se niega a irse aunque él le confiese que no tiene nada que enseñarle. La llegada de nuevo personal médico a la Academia Kazami añade más complicaciones a su vida ya agitada. Esta segunda temporada continúa directamente la serie original de Da Capo.