Han pasado cincuenta y tres años desde la historia original de Da Capo, así que los cerezos que conceden deseos en la isla de Hatsunejima rodean ahora a estudiantes completamente nuevos. Yoshiyuki Sakurai vive al lado de Otome y Yume Asakura, nietas de Junichi y Nemu, en una isla donde los sakura florecen todo el año. Esta temporada de trece episodios adapta la secuela de la novela visual y no continúa con el elenco del primer anime.