Ichigo Momomiya e Masaya Aoyama finalmente admitem seus sentimentos um pelo outro, só para o novo relacionamento ser interrompido quase de imediato por uma onda de ataques das Chimera Anima. No meio de uma dessas batalhas, um espadachim mascarado que se apresenta como o Cavaleiro Azul surge do nada para salvar Ichigo e declara que protegê-la é o seu propósito antes de sumir de novo. Ichigo passa a dividir sua atenção entre o tempo com Masaya, seus deveres como líder das Mew Mews e o mistério de quem é, afinal, o Cavaleiro Azul. Esta segunda temporada dá continuidade direta à primeira de Tokyo Mew Mew New.