Ichigo Momomiya y Masaya Aoyama por fin se confiesan sus sentimientos, solo para que la nueva relación se vea interrumpida casi de inmediato por una oleada de ataques de las Chimera Anima. En medio de una de esas batallas, un espadachín enmascarado que se hace llamar el Caballero Azul aparece de la nada para salvar a Ichigo, y declara que protegerla es su propósito antes de desaparecer otra vez. Ichigo termina repartiéndose entre su tiempo con Masaya, sus deberes como líder de las Mew Mew y el misterio de quién es en realidad el Caballero Azul. Esta segunda temporada continúa directamente la primera de Tokyo Mew Mew New.