Cientistas criam Mewtwo a partir do DNA de Mew para chegar ao Pokémon mais forte que já existiu, e a resposta de Mewtwo é derrubar o laboratório. Um convite sai então para os melhores treinadores do mundo, e Ash Ketchum, Misty e Brock vão até o castelo na ilha, onde descobrem que o anfitrião é o próprio clone, com uma equipe de cópias dos Pokémon deles à espera. Os três capítulos adaptam a refilmagem em CGI do primeiro filme de Pokémon, não o original de 1998.