Un equipo de científicos crea a Mewtwo a partir del ADN de Mew para tener al Pokémon más fuerte que haya existido, y Mewtwo responde derribando el laboratorio. Después llega una invitación dirigida a los mejores entrenadores del mundo: Ash Ketchum, Misty y Brock viajan hasta el castillo de la isla y descubren que el anfitrión es el propio clon, con un equipo de copias de sus Pokémon esperándolos. Tres capítulos adaptan la versión CGI de la primera película de Pokémon, no la original de 1998.