Dois meses depois que os assassinatos de Inaba param, o Midnight Channel volta a ligar e desta vez anuncia um torneio: o P-1 Grand Prix, com Yu Narukami e o Investigation Team entre os inscritos. Ao atravessar de novo para o mundo dentro da TV, Yu encontra os amigos sumidos e um colégio transformado em arena. Mitsuru Kirijo e Aigis chegam à mesma cidade atrás de uma carga roubada, e os Shadow Operatives acabam na mesma chave. O mangá adapta o jogo de luta que liga Persona 3 a Persona 4.