Dos meses después de que terminan los asesinatos de Inaba, el Midnight Channel vuelve a encenderse y anuncia un torneo, el P-1 Grand Prix, con Yu Narukami y el Investigation Team en la lista de inscritos. Al cruzar otra vez a través del televisor, Yu encuentra a sus amigos desaparecidos y una preparatoria convertida en arena. Mitsuru Kirijo y Aigis llegan al mismo pueblo siguiendo un cargamento robado, así que los Shadow Operatives caen en el mismo cuadro. El manga adapta el juego de pelea que enlaza Persona 3 con Persona 4.