Com a Guerra de Um Ano encerrada, Io Fleming e Daryl Lorenz levam a conta em aberto para uma paz que não se firma em lugar nenhum. Os remanescentes de Zeon se juntaram à Aliança dos Mares do Sul, facção religiosa que a Federação precisa enfrentar em terreno escolhido por ela. Esta segunda temporada de Thunderbolt retoma o combate no Thunderbolt Sector da primeira e acompanha os dois pilotos enquanto a guerra se remonta em volta deles.