Terminada la Guerra de un Año, Io Fleming y Daryl Lorenz arrastran su cuenta pendiente a una paz que no se sostiene en ningún lado. Los restos de Zeon se aliaron con la Alianza de los Mares del Sur, una facción religiosa a la que la Federación tiene que enfrentar en un terreno elegido por ella. Esta segunda temporada de Thunderbolt arranca después del combate en el Thunderbolt Sector de la primera y sigue a los dos pilotos mientras la guerra vuelve a armarse alrededor.