Três anos depois da batalha de que se lembra, Takeru Shirogane acorda e percebe que foi jogado para trás na própria linha do tempo, não para a frente. Os BETA continuam sobre a Eurásia e a humanidade continua revidando com caças de superfície tática; o que Takeru tem de diferente é a lembrança de como tudo acabou da primeira vez. Ele passa a trabalhar ao lado de Kouzuki no plano Alternative IV. Dezessete volumes levam o arco Alternative dos jogos de Muv-Luv para as páginas do mangá.