Tres años después del combate que recuerda, Takeru Shirogane despierta y entiende que no avanzó en el tiempo: retrocedió por su propia línea temporal. Los BETA siguen ocupando Eurasia y la humanidad sigue respondiendo con cazas de superficie táctica, pero Takeru guarda algo que nadie más tiene, la memoria de cómo terminó el primer intento. Se pone entonces al servicio de Kouzuki y del plan Alternative IV. Este manga adapta el arco Alternative de los juegos de Muv-Luv a lo largo de diecisiete tomos.