Eltria está morrendo e Granz, o pai de Kyrie Florian, adoeceu junto com o planeta. Contra a vontade da irmã mais velha, Amitie, Kyrie parte com a amiga Iris para a Terra em busca do Cristal Eterno, que segundo Iris cura o planeta e o pai dela. No caminho ela topa com Nanoha Takamachi, Fate Testarossa e Hayate Yagami, que têm a outra metade do que ela precisa. Este terceiro filme de Nanoha abre uma história em duas partes concluída por Detonation e vem dos videogames, não das temporadas de televisão.