Um redemoinho destrói o barco e deixa Nobita perdido numa ilha ao lado de Jack, um menino separado da família, depois que uma distorção temporal arrastou a viagem para o século XVI. Tudo começou quando Nobita, fascinado por piratas, convenceu Doraemon a levá-lo com Shizuka, Gian e Suneo pelo Pacífico atrás de um tesouro, logo que o noticiário anunciou uma descoberta real. Os amigos acabam resgatados pelo navio do capitão Kidd, onde Betty, irmã de Jack, procura o irmão e o pai desaparecidos.