Todo empieza con el sueño de Nobita de encontrar un tesoro pirata: cuando las noticias anuncian un hallazgo real, Doraemon acepta llevarlo por el Pacífico junto a Shizuka, Gigante y Suneo. Una distorsión temporal los arrastra al siglo XVI y un remolino destroza su barco. Nobita termina en una isla con Jack, un chico que perdió el rastro de su familia, mientras los demás son rescatados por la tripulación del capitán Kidd, donde Betty, hermana de Jack, busca a su hermano y a su padre.