As fadas que Tsubomi Hanasaki viu em sonho, junto de uma grande árvore murchando, aparecem de verdade assim que ela se transfere para a Academia Myoudou. Apaixonada por flores e plantas, a aluna do segundo ano do fundamental II ouve o pedido para virar Pretty Cure e proteger a Grande Árvore, mas recusa. Só que um inimigo ataca de repente e rouba a Heart Seed de Erika Kurumi, sua nova colega, e para salvar o coração dela Tsubomi precisa se transformar e lutar. Este mangá adapta a série de anime de mesmo nome.