En un sueño, Tsubomi Hanasaki, alumna de segundo de secundaria enamorada de las flores y las plantas, ve cómo se marchita un gran árbol y desaparecen sus hadas. Al cambiarse a la Academia Myoudou, esas mismas hadas se le aparecen y le suplican que se convierta en Pretty Cure para proteger el Gran Árbol, pero ella se niega. Todo cambia cuando un enemigo roba la Heart Seed de Erika Kurumi, su nueva compañera, y a Tsubomi no le queda otra que transformarse para salvarla. Este manga adapta la serie de anime homónima.