La muerte de Kuroneko, una amiga de la infancia que aseguraba que los extraterrestres existían, persigue a Ryota Murakami desde hace años. Cuando una estudiante transferida llamada Neko Kuroha aparece en su clase, idéntica a Kuroneko pero sin ningún recuerdo de él, Ryota descubre su secreto: es una 'bruja' fugitiva, una cobaya escapada de un laboratorio con poderes sobrenaturales. La organización que la creó hará lo que sea para recuperarla.