Desde hace diez años, la culpa por Kuroneko no deja en paz a Ryouta Murakami: su amiga de la infancia murió tratando de demostrarle que los extraterrestres existen. Para cumplir la promesa que le hizo, él entra al club de astronomía de su escuela. La llegada de Kuroha Neko, una estudiante de transferencia idéntica a Kuroneko, lo cambia todo: la chica revela que es una 'bruja' con poderes sobrenaturales, fugada de un laboratorio secreto. Como las brujas necesitan un medicamento especial para seguir vivas, Ryouta termina escondiendo a Neko y a las demás.