Edo está sumida en el caos y Gintoki Sakata termina reuniéndose con aliados y con antiguos enemigos por igual, mientras el inmortal Utsuro maniobra para desatar una guerra capaz de acabar con el planeta. Shinsuke Takasugi, viejo camarada vuelto antagonista, vuelve a la carga con su Kiheitai, así que la Yorozuya y sus amigos dispersos no tienen más remedio que unirse frente a una amenaza apuntada contra la Tierra. Esta temporada adapta la primera mitad del arco final de Gintama.