Sin recuerdos, Hakuno Kishinami despierta en el fondo del Moon Cell, una supercomputadora lunar que durante mil años hizo correr una Guerra del Santo Grial hasta que esta se estancó y empezó a pudrirse. Junto a la Servant Saber, Hakuno debe subir siete pisos: cada uno lo controla un Floor Master al que hay que vencer para seguir, y perder dentro de la simulación se paga con la vida real. El ascenso de Hakuno es un guion original escrito para el anime, no una nueva versión del juego Fate/EXTRA.