Cuando su mejor amiga, Hotaru Imai, es llevada de pronto a un misterioso internado, la pequeña Mikan Sakura, de diez años, la sigue hasta Tokio y termina en la Academia Alice, una escuela para niños nacidos con poderes especiales llamados Alices. Resulta que Mikan posee el Alice de Anulación, que neutraliza las habilidades de quienes tiene cerca, y el profesor Narumi la inscribe. Mientras se adapta entre sus compañeros, percibe que la academia esconde más de lo que muestra.