Tras la casi destrucción de la Academia Yokai, exclusiva para monstruos, Tsukune Aono vuelve al único lugar donde un humano no debería estar, ahora con la sangre de vampiro de Moka Akashiya contenida por un limitador. El reencuentro con Moka y sus compañeros abre un nuevo curso. La hermana menor de Moka por parte del padre, Koko Shuzen, ingresa a la academia, mientras una organización humana llamada Fairy Tale empieza a amenazar el mundo de los monstruos que el lugar fue creado para proteger. Esta segunda serie retoma directamente los hechos de la primera.