El final del milenio espera a Kamui Shirou en Tokio, adonde regresa tras seis años de ausencia para cumplir el deseo de su difunta madre. Dos bandos convergen sobre la ciudad: los Dragones del Cielo, que custodian siete barreras para preservar a la humanidad, y los Dragones de la Tierra, decididos a limpiar el planeta de la mancha humana. Kamui debe elegir uno mientras se mantiene lejos de Fuma y Kotori Monou, amigos de la infancia cuyos destinos están atados al suyo.