Kamui Shirou tem um destino marcado para o fim do milênio, e é por isso, e pelo desejo da mãe falecida, que ele volta a Tóquio depois de seis anos. Dois lados opostos convergem sobre a cidade: os Dragões do Céu, que guardam sete barreiras para preservar a humanidade, e os Dragões da Terra, que querem purgar o planeta da mácula humana. Kamui precisa escolher um deles enquanto se mantém afastado de Fuma e Kotori Monou, amigos de infância cujos destinos estão ligados ao dele.