La nanotecnología de Desty Nova devuelve a la vida a la guerrera cyborg Alita dentro de la ciudad flotante de Tiphares, justo donde Gunnm la había dejado por muerta. No despierta en ningún paraíso: sus habitantes acaban de enterarse de lo que la ciudad hace con sus cerebros, y Tiphares se ha venido abajo. Entre los escombros, Alita sale a buscar a Lou Collins, la amiga que perdió, y la verdad de su propio pasado borrado. Esta es la secuela directa de aquella historia.