De vuelta en Kunugigaoka para su último semestre, Nagisa Shiota y la Clase 3-E mantienen la misma misión: eliminar a Koro-sensei antes de marzo o la Tierra será destruida. El asesino rival Itona Horibe y su mentor Shiro lanzan sus propios ataques mientras la clase perfecciona técnicas cada vez más sofisticadas. Segunda y última temporada, en continuación directa de la primera.