En la secundaria Kunugigaoka, los alumnos de la clase 3-E reciben un encargo insólito del gobierno japonés: asesinar a su nuevo profesor, una criatura tentacular llamada Koro-sensei que destruyó gran parte de la luna y amenaza con hacer lo mismo con la Tierra en un año. La recompensa asciende a diez mil millones de yenes, pero la velocidad Mach 20 de Koro-sensei convierte cada intento en un fracaso instructivo. Nagisa Shiota, estudiante silencioso del grupo, empieza a registrar las debilidades de la criatura en busca de una apertura que nadie más encuentra.