Once años después de una catástrofe que derritió el hielo de la Antártida, hizo emerger el continente perdido de la Atlántida y despertó a los alados Ángeles de la Sombra, dos tercios de la humanidad han desaparecido y los supervivientes son capturados por su energía vital. Yurugi Kamishiro se presenta al examen de selección de pilotos del arma definitiva, Aquarion, un mecha que se forma al combinarse tres Vector Machines rescatadas de unas ruinas submarinas; lo aprueba y aún está en pleno entrenamiento cuando los pilotos titulares son aniquilados y lo mandan al frente. Este manga cuenta una historia propia dentro del universo de Genesis of Aquarion en vez de repetir la serie de televisión.