Onze anos depois de uma catástrofe que derreteu o gelo da Antártida, fez emergir o continente perdido da Atlântida e despertou os alados Anjos da Sombra, dois terços da humanidade desapareceram e os sobreviventes são capturados por sua energia vital. Yurugi Kamishiro presta o exame de seleção de pilotos da arma definitiva, o Aquarion, um mecha formado pela combinação de três Vector Machines resgatadas de ruínas submarinas; passa, e ainda está em pleno treinamento quando os pilotos titulares são exterminados e ele é mandado para o front. Este mangá conta uma história própria dentro do universo de Genesis of Aquarion em vez de repetir a série de televisão.